株式を譲渡する際には、個人・法人・相続など、状況により税金の種類や計算方法が異なります。
とくに非上場株式の評価や、M&A・事業承継に伴う特例制度の適用可否などは判断が難しく、正しい理解が欠かせません。
本記事では、株式譲渡で発生する主な税金の仕組みや、譲渡所得の計算方法などをわかりやすく解説します。また、節税につながる損益通算や繰越控除、事業承継税制の活用ポイントまで、体系的に解説します。
株式譲渡を検討している方が、適切な税負担とスムーズな手続きを行えるよう、基礎から整理しているのでご覧ください。
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株式譲渡の税金の種類と税率
株式譲渡で利益が出た場合、どのような税金が、どのくらいの率でかかるのかについて、個人と法人それぞれのパターン別に解説します。
スムーズに株式譲渡の手続きを進めるために、基本的な税金の種類や税率については把握しておきましょう。
所得税・住民税・復興特別所得税（個人の場合）
個人が株式を譲渡して利益が出た場合、その利益には一律で20%の税金がかかります。内訳は以下のとおりです。
- 所得税：15%
- 住民税：5%
※平成25年から令和19年までは、復興特別所得税として各年分の基準所得税額に2.1パーセントを乗じた額を所得税とあわせて申告・納付する
これは株式の種類（上場・非上場）に関係なく、株式の譲渡益だけを対象に計算する、申告分離課税という方式が採用されているためです。
たとえば、株式の売却で100万円の利益が出た場合、約20万を納税することになります。
個人で株式譲渡を行う際は、この税率と課税方式を理解しておくことで、事前に手取り額や納税額を見積もれるため、スムーズに手続きを進められるでしょう。
法人税（法人の場合）
法人が株式を譲渡して利益が出た場合は、個人のように税率は一律ではなく、会社の利益全体に対して課税されます。
そのため、法人の場合は本業の利益と合算され、その事業年度の課税所得に対して、以下の税金をまとめて支払う総合課税が適用されるのが一般的です。
- 法人税
- 地方法人税
- 法人住民税
- 法人事業税
上記を合計した実効税率は、法人の規模や所在地によって異なりますが、一般的には約30〜40%程度です。
また、法人の場合は株式譲渡益と本業で生じた赤字（損失）を同じ損益計算上で扱うため、譲渡益と事業の赤字を相殺（損益通算）できます。そのため、売却タイミング次第で税負担を抑えることが可能です。
経営者や経理担当者は、株式売却を行う前に、利益計画や決算時期と合わせて検討することが重要です。
相続税・贈与税（該当する場合のみ）
株式を相続や贈与によって移転する場合は、売却益ではなく株式そのものの評価額に対して相続税・贈与税が課されます。
とくに非上場株式では、市場価格が存在しないため、税務上の適正な時価評価が重要です。また、親族間で著しく低い価格で株式を売買した場合、税務署が実質的には贈与と同じと判断するみなし贈与が適用され、差額に贈与税が課される可能性があります。
たとえば、時価1,000万円相当の株式を後継者に100万円で譲渡したようなケースが該当します。
中小企業の事業承継では、この税務リスクを回避するため、適正な株価算定と専門家のサポートが不可欠です。株式譲渡が相続・贈与に該当し得る場面では、税目が変わる点に注意しましょう。
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株式譲渡の税金の計算方法
株式譲渡でかかる税金は、まずどれだけ利益が出たかを計算します。基本の計算式は、以下のとおりです。
譲渡所得＝売却金額−取得費−売却手数料等の費用
取得費には株を買ったときの代金や購入手数料、譲渡費用には売却時に支払う証券会社の手数料やM&A仲介手数料などが含まれます。算出した利益に対して、個人の場合は 一律約20%の税率がかかります。
また、昔に取得した株や相続した株で取得費がわからない場合は、売却金額の5%を取得費として計算できる概算取得費の制度を使うことも可能です。ただし、実際に支払った取得費が5%より高かった場合は税負担が増えてしまいます。
さらに、年間の取引で損失が出た場合は、他の株式の利益と相殺したり（損益通算）、翌年以降最大3年間繰り越して相殺することで税金を減らせます。
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株式譲渡の税金に関する注意点
株式を譲渡する場合は、以下の点に注意しましょう。
ここではとくに、個人投資家や中小企業オーナーが陥りやすいリスクや、確実に押さえるべき重要な注意点について解説します。
非上場株式や同族間取引では公正な時価評価を行う
株式譲渡を行う際は、非上場株式や親族・同族間での取引では適正な時価での評価が必須であることを押さえておきましょう。
上場株式とは異なり、非上場株式には市場価格が存在しないため、当事者同士が任意に安い価格で売買すると税務署から実質的には贈与と判断され、差額に贈与税が課されるみなし贈与となる可能性があります。
また、個人から法人に低い価格で譲渡した場合、売り手側にみなし譲渡課税が発生する場合もあります。
税務署は、財産評価基本通達に基づく算定方法で適正な時価を判断するため、時価と売買価格が大きく乖離していないかが重要です。
とくに中小企業の事業承継や親族間の株式移動では、事前に税理士をはじめとした専門家が作成する、株価評価報告書に基づいて取引価格を設定することが、追徴課税を防ぐ基本の対策となります。
取引目的に応じて適切な評価額を設定する
株式をいくらで譲渡するかは、何のために株式を移転するのかによって最適な価格や手法が異なります。まず、会社売却で創業者利益を得たい場合は、通常の株式譲渡を選ぶと税負担は譲渡益に対して一律約20％で完結します。
事業譲渡を選んだ場合、会社に対して法人税（約30〜40%）が課されるうえ、オーナーが資金を受け取る段階でも課税されることがあるため、結果として二重課税になるリスクがある点に注意が必要です。
一方、同族内での事業承継が目的の場合は、税額を抑えるために株価を高くしないことが重要になります。たとえば、役員退職金の活用により株価を下げたうえで、後継者へ株式を移転する方法や、事業承継税制を使って相続税・贈与税の負担を大幅に繰延べする方法が有効です。
株式の評価額は適正な時価であることが前提ですが、目的に応じてどのタイミング・どの手法で移転するかを設計することが節税の鍵になります。
確定申告や納税スケジュールを適切に管理する
株式を売却して利益が出た場合は、申告と納税の時期を正しく管理することが重要です。
個人の場合、原則として売却した翌年の2月16日〜3月15日に確定申告を行い、所得税・復興特別所得税はこの期限までに納付します。
住民税（5%分）は、確定申告の内容をもとに自治体が税額を計算し、6月頃に納税通知書が届きます。通常は年4回に分けて納付しますが、一括払いも可能です。
一方、証券会社の特定口座（源泉徴収あり）を利用している場合は税金が自動的に天引きされ、申告は原則不要です。ただし、一般口座取引や非上場株式の売却、損益通算や損失繰越を行う場合は申告が必要になります。
法人の場合は、株式売却益を含めた事業年度全体の利益をもとに法人税等を申告します。決算・申告期限は通常、事業年度終了日から2ヶ月以内となるため、個人よりスケジュール管理が重要です。
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株式譲渡の税金の特例制度
株式譲渡の税金負担を大幅に軽減する方法として、以下のような特例制度があります。
とくに中小企業オーナーの事業承継や、相続した株式を売却するケースでは、知っているかどうかで納税額が変わる可能性があるため参考にしてください。
事業承継税制
事業承継税制は、中小企業の株式を後継者に引き継ぐ際の贈与税や相続税の負担を軽減できる制度です。
この制度を活用すれば、後継者が受け継ぐ非上場株式にかかる税金の納付が一旦全額猶予され、経営を継続した場合は、将来的に税金が事実上ゼロになる可能性もあります。
たとえば時価で数千万円〜数億円の株式をそのまま贈与すると、通常は高額な税負担が発生しますが、事業承継税制を活用することで資金の流出を防ぎながら、スムーズに事業承継を進めることが可能です。
ただし、適用には一定の条件や提出期限があり、期限を過ぎると優遇を受けられなくなるため、承継を考えている場合は早めに専門家へ相談することが必要です。
取得費加算の特例
相続で受け継いだ株式を売却する場合に、税負担を軽減できるのが取得費加算の特例です。この制度は、相続開始の翌日から3年以内に株式を売却した場合に適用でき、相続の際に支払った相続税の一部を、売却時の取得費に上乗せできます。
取得費が増えると、売却益（＝課税対象となる利益）がその分小さくなるため、結果として所得税・住民税の負担が軽減されます。
たとえば、相続税として500万円を支払った株式を売却した場合、その500万円を取得費に加算できれば、税額を約100万円ほど軽減できるでしょう。
ただし、取得費加算の特例は期限を過ぎると適用されないため、相続した株式の売却を検討する際は、早めに計画し税理士とスケジュールを確認することが重要です。
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株式譲渡の税金を抑えるための節税対策
株式譲渡の税金を抑えるための節税対策についても確認しておきましょう。具体的な方法は、以下の3つです。
それぞれの詳しい内容を解説するので、実際に節税する際の参考にしてください。
1. 譲渡損失の損益通算・繰越控除を活用する
株式の売買で損失が出た場合、その損失は無駄にはなりません。上場株式等に限り、損益通算と繰越控除を活用することで、将来の税負担の抑制につなげられます。
損益通算とは、同じ年に発生した他の株式の利益や、申告分離課税を選んだ配当金と損失を相殺する仕組みです。
たとえば、A口座で50万円の利益、B口座で30万円の損失が出た場合、確定申告をすれば+20万円のみが課税対象となります。また通算しても損失が残る場合は、繰越控除を使うことで、その損失を翌年以降最大3年間に渡り、将来の利益や配当所得から差し引くことが可能です。
ただし、この制度を使うには、損失が出た年だけでなく、翌年以降も毎年連続して確定申告する必要がある点は把握しておきましょう。
2. NISA・特定口座を使って課税を最小限に抑える
株式譲渡の税金を抑える基本的な方法として、NISAや特定口座の活用も効果的です。
NISA内で得た株式の売却益や配当金は非課税 になるため、本来約20%かかる税金がかかりません。
2024年から開始された新NISAでは、非課税投資枠が年間最大360万円、生涯で1,800万円へと拡大されており、長期的な資産形成に有効な制度となっています。ただし、NISA口座内で損失が出ても、他口座との損益通算や繰越控除ができません。
また、特定口座（源泉徴収あり） を利用することで、利益が出た時点で証券会社が税金を自動的に計算・徴収します。そのため、原則確定申告は不要となり、申告漏れや手続きの負担を減らせます。
3. 事業承継税制や退職金を活用して負担を軽減する
中小企業オーナーが非上場株式を後継者へ渡す場合は、個人投資家とは異なる専門的な節税対策が必要です。
とくに有効なのが事業承継税制で、一定の要件を満たすことで自社株の相続や贈与にかかる税金の納付が全額猶予され、後継者が経営を継続した場合には、実質的に免除となる可能性もあります。
ただし、事業承継税制で特例を受けるには、一定の期限までに特例承継計画を都道府県へ提出し認定を受ける必要があるため、早めの準備が重要です。
オーナーが引退時に役員退職金を受け取ることで会社の純資産が減少し、株価が下がることで、後継者が株式を取得する際の税負担を抑えることも可能です。
事業承継税制については、記事内の「事業承継税制」で詳しく解説しているのでご覧ください。
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株式譲渡の税金の確定申告について
株式譲渡で利益が出た場合、税金を納めるために確定申告が必要なケースがあります。ここでは、確定申告の期限や必要書類などについて詳しく解説します。
申告漏れや手続きミスを防ぐためにも重要なポイントのため、事前に把握しておきましょう。
申告が必要なケース
株式譲渡で利益が出た場合は、原則として確定申告が必要です。ただし、証券会社の特定口座で源泉徴収ありと設定している場合は、税金が売却時に自動で天引きされるため、申告は不要です。
一方、一般口座を使用したり特定口座で源泉徴収なしと設定したりしている場合、または 非上場株式を売却した場合は、自分で利益を計算して申告する必要があります。
さらに、年間取引で損失が出た年でも、確定申告をすることが重要です。損失は損益通算により他の利益と相殺でき、さらに余った損失は翌年以降3年間繰り越して将来の税金を減らせられます。
ただし、この繰越控除は損失が出た年から毎年申告することが条件となるため、申告を忘れないよう注意しましょう。
申告期限
株式を売却して利益が出た場合、売却した年の翌年2月16日から3月15日までに確定申告をしましょう。この期間内に申告と所得税・復興特別所得税の納付を行わなければいけません。
たとえば2025年中に株式を売却した場合は、申告と納税の期限は2026年3月15日になります。期限を過ぎると、延滞税や無申告加算税などのペナルティが発生する可能性があるため、余裕のあるスケジュール管理が重要です。
一方、住民税は確定申告の情報が市区町村へ自動的に連携されるため、別途申告は不要です。住民税の納税通知書は毎年6月頃に届き、年4回または一括で納付します。
必要書類
株式譲渡で確定申告を行う際は、申告書本体に加えて、以下の必要書類を揃えることが大切です。
| 必要書類 | |
|---|---|
| 上場株式を取引している個人投資家 | ・特定口座年間取引報告書 ・確定申告書（第三表） ・株式等にかかる譲渡所得の計算明細書 |
| 非上場株式を譲渡した中小企業オーナーなど | ・特定口座年間取引報告書 ・確定申告書（第三表） ・株式等にかかる譲渡所得の計算明細書 ・株式譲渡契約書 ・株価評価の根拠資料（株価評価報告書など） |
上場株式を取引している個人投資家の場合、まず用意すべきなのは証券会社から届く「特定口座年間取引報告書」です。年間の利益・損失がまとめられており、申告書作成の基礎資料になります。
申告時には、確定申告書（第三表）と株式等にかかる譲渡所得の計算明細書を提出します。損益通算や繰越控除（最大3年）を使う場合は、専用の付表を追加提出することが必要です。
一方、非上場株式を譲渡した中小企業オーナーなどの場合は、上記に加えて株式譲渡契約書 や株価評価の根拠資料（株価評価報告書など）を準備し、税務署からの照会に備えて保管しておくことが重要です。
書類の不足はトラブルや延滞料金発生の原因になるため、余裕を持って早めに準備しましょう。
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株式譲渡の税金に関するよくある質問
株式譲渡の税金に関して、よくある3つの質問に対して回答していきます。
Q. 非上場株式を譲渡した場合の税金はどうなる？
Q. M&Aで会社を売却したときの税金はいくらかかる？
Q. 株式譲渡の評価額はどうやって決まる？
株式譲渡を行う際に役立つ内容なので、ぜひ参考にしてください。
Q. 非上場株式を譲渡した場合の税金はどうなる？
A. 非上場株式を個人で譲渡して利益が出た場合、課税方法は上場株式と同じで、 税率は一律約20%（所得税・住民税・復興特別所得税） の申告分離課税のため、税率自体は特別に高くなるわけではありません。
ただし、非上場株式の場合は市場価格がないため、税務上の算定方法に沿って公正な時価を設定する必要があります。
親族間や同族会社で時価より低い価格で売買すると、差額が贈与とみなされ（みなし贈与）、買い手に高額な贈与税が発生する可能性があります。非上場株式の譲渡は必ず税理士に株価評価を依頼し、正しい価格で行うことが大切です。
Q. M&Aで会社を売却したときの税金はいくらかかる？
A. M&Aで会社を売却する際の税金は、売却の手段によって税率が異なります。もっとも税負担を抑えやすいのは株式譲渡です。
これは、オーナー個人が保有する株式をそのまま買い手に売る方法で、得られた利益に対して一律約20%の税金がかかるだけで完結します。
一方、会社が事業そのものを売る事業譲渡を選んだ場合は、売却益に対して会社に法人税（実効税率約30〜40%）が課せられます。
さらに、会社に残った資金をオーナーが受け取るときに、所得税・住民税が再度かかり、結果として二重課税になるでしょう。
Q. 株式譲渡の評価額はどうやって決まる？
A. 株式譲渡の評価額（時価）は、上場株式と非上場株式で決め方が異なります。上場株式は、証券取引所で日々取引されている市場価格＝株価がそのまま評価額になるのが一般的です。
一方、非上場株式には市場価格がないため、国税庁が定める財産評価基本通達に基づいて時価を算出します。評価方法は会社の規模や株主の立場によって異なり、以下のような方式を使い分けます。
- 類似業種比準方式（上場企業との比較）
- 純資産価額方式（資産と負債の差額）
- 配当還元方式（配当実績ベース）
とくに親族間や同族会社間での売買では、時価より安い価格で取引すると、みなし贈与と判断され贈与税が課されるかもしれません。
非上場株式を売却・承継する際は、自己判断せず、税理士に株価算定書を作成してもらうことが安全です。
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まとめ
株式譲渡にかかる税金は、個人と法人で考え方が異なります。個人の場合は株式の利益のみを分けて計算する仕組みで、損失が出た際の損益通算や繰越控除、またNISAなどの非課税制度の活用が負担を抑える鍵になります。
一方、法人や非上場企業のオーナーが株式を移転する場合は、税率よりもどの価格で取引するかが重要です。不適切な評価による親族間の低額取引は、贈与と判断され追加の税負担が発生する場合があります。
事業承継やM&Aでは、税制特例や退職金など専門的な手続きが必要になるケースもあるため、早期に専門家へ相談し正確な評価のもとで手続きを進めましょう。
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京都大学経済学部卒業、同大学経営管理大学院修了（MBA）
旧司法試験合格、最高裁判所司法研修所を経て弁護士登録(日本弁護士連合会・東京弁護士会)。
千代田中央法律事務所を開設し、スタートアップの資本政策・資金調達支援、M&Aによるエグジット・成長戦略の専門職支援と法人破産手続き、事業再生手続きによる再生案件を取り扱う。独立行政法人中小企業基盤整備機構（中小機構）では国際化支援アドバイザーとしても活動経験あり。
